載脂蛋白E是一種富含精安酸的堿性蛋白，人ApoE是由299個組成，分子量為34145D，含32個Arg和12個Lys存在于血漿的CM、VLDL及其殘粒和β-VLDL中均含有ApoE，一部分ApoE在血液中與ApoAⅡ形成復合體。

Shore于1973年首先發現ApoE，Rall等于1982年測出ApoE的，其后Taylor建立ApoE的cDNA序列，Breslow 和Zannis首先測出ApoE有3個等位基因異構體以及基因在上的定位。據推算和測定，在介質中ApoE有62%的α-螺旋，9%的β-片層，11%的β-轉角和18%。ApoE分子可以被水解為二個區域，N-端區(1～191)為22kD的可溶性球蛋白，此區域較穩定，該片段的136～158位肽段為受體結合位點，富含(賴氨酸和精安酸)，也屬于肝素結合區。此片段為一個反平行的四螺旋束，是α-螺旋蛋白的一般折疊方式。C端區(216～299)分子量為10kD，螺旋程度很高，不穩定，是與脂蛋白的結合區。用截去了末端的變異體及片段進行ApoE羧基末端的檢測表明，191殘基以外羧基端存在三個螺旋，其中兩個為A型(203～223和225～266)，第三個(268～289)為一種G型螺旋。與脂類或不同的脂質微粒或二甲基磷脂酰膽堿結合的結果說明，G螺旋和第二螺旋的末端在脂質連結，在ApoE的四聚體化過程中起重要的作用。更jing確地說是263～286片段可能在脂連結ApoE與VLDL的結合中起有關鍵作用。ApoE主要由肝臟合成，近年來發現腦，腎，骨骼，腎上腺及也能合成。