免疫沉淀（immunoprecipitation，IP）是利用抗體特異性反應(yīng)純化富集目的蛋白的一種方法。抗體與細(xì)胞裂解液或表達(dá)上清中相應(yīng)的蛋白結(jié)合后，再與蛋白A/G（ProteinA/G）或二抗偶聯(lián)的agarose或Sepharose珠子孵育，通過離心得到珠子-蛋白A/G或二抗-抗體-目的蛋白復(fù)合物，沉淀經(jīng)過洗滌后，重懸于電泳上樣緩沖液，煮沸5-10min，在高溫及還原劑的作用下，抗原與抗體解離，離心收集上清，上清中包括抗體、目的蛋白和少量的雜蛋白。
傳統(tǒng)的瓊脂糖微球是多孔的，這使得它們具有高的表面積與蛋白質(zhì)相互接觸，并可以容納大量的液體。在純化大量蛋白的時(shí)候，傳統(tǒng)的瓊脂糖微球是的選擇。免疫沉淀（IP）-利用結(jié)合在微球上的抗體將溶液中的目標(biāo)蛋白質(zhì)拉下來。過去，我們很自然地使用瓊脂糖微球，因?yàn)檫@是我們的習(xí)慣。但對(duì)IP來說，多孔的結(jié)構(gòu)會(huì)帶來如下問題：
1）抗體被困在孔內(nèi)，難以洗去，因此需要大量的洗滌來降低背景。
2）免疫沉淀的洗滌是在微量離心管中進(jìn)行的，液體之間的交換通過移液槍來完成，很容易丟失樣品。
3）微球上的抗體與目標(biāo)蛋白接觸的慢，需要長(zhǎng)的孵育時(shí)間。
4）長(zhǎng)的孵育時(shí)間及大量的洗滌導(dǎo)致目標(biāo)蛋白的機(jī)械及生物（蛋白酶水解）損失。
所有這些變化意味實(shí)驗(yàn)結(jié)果可能并不能如我們所愿進(jìn)行復(fù)制。
現(xiàn)在，科學(xué)家在IP實(shí)驗(yàn)中，更傾向于使用磁性微球，而不是瓊脂糖微球。因?yàn)榇判晕⑶蚰軌蚪鉀Q上述的所有問題。磁性微球不是多孔的，有磁性，這意味著：
1）沒有使抗體藏在深處的隱藏表面，所需的洗滌次數(shù)減少。
2）微球上的抗體與目標(biāo)蛋白很快接觸，孵育時(shí)間減少。
3）少的洗滌次數(shù)及快的孵育時(shí)間意味著目標(biāo)蛋白被蛋白酶水解的機(jī)會(huì)減少。
4）磁力架快速分離沉淀和上清液，從而降低了丟失樣品的機(jī)會(huì)。節(jié)約了操作時(shí)間，使操作更自動(dòng)化。
操作中變量的減少使得實(shí)驗(yàn)很容易再?gòu)?fù)制。
比較了磁性微球和傳統(tǒng)瓊脂糖微球在IP中的應(yīng)用，你更傾向于選擇哪種呢？
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